La direction assure des missions de lutte contre la fraude (contre le trafic de marchandises prohibées, de marchandises dangereuses, protection du territoire et des citoyens, mise en œuvre de la réglementation calédonienne, etc.), des missions fiscales (détermination de l'assiette, contrôle et liquidation des droits, taxes, redevances ou droits de péage perçus à l'entrée et à la sortie du territoire douanier, etc.) et des missions économiques (protection des industries locales par la mise en oeuvre de mesures fiscales, etc.) et de conseil aux entreprises.