La CAFAT est l'organisme qui gère le régime général de sécurité sociale de Nouvelle-Calédonie, le RUAMM (Régime Unifié d'Assurance Maladie Maternité) et trois régimes particuliers (les allocations familiales de solidarité / le régime handicap et perte d'autonomie / le complément retraite de solidarité ), le recouvrement des cotisations, ainsi que le contrôle et le contentieux ayant trait à ces cotisations. Il s'occupe également du versement de la dotation globale de financement aux établissements hospitaliers publics, de la gestion et du contrôle des dépenses des assurés et des professionnels de santé, du contrôle médical, de la prévention des accidents du travail et de l'action sanitaire et sociale.